ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ КОФЕИНА С ДНК В ВОДНОМ РАСТВОРЕ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПАРАЛЛЕЛЬНЫХ ВЫЧИСЛЕНИЙ
М. Д. Калугин1, А. В. Теплухин2
1 Институт системного программирования РАН, shaman@ispras.ru 2 Институт математических проблем биологии РАН, tepl@impb.psn.ru
Ключевые слова: вода, структура, кофеин, ДНК, компьютерное моделирование, Монте-Карло, параллельные вычисления
Страницы: 878-889
Аннотация
Методом Монте-Карло с использованием параллельных вычислений проведено моделирование водных растворов кофеина, содержащих сверхспиральный фрагмент В-ДНК. Установлены места связывания молекул кофеина с ДНК и наиболее вероятные структуры образующихся комплексов. Выполнена оценка степени ассоциированности молекул кофеина в водных растворах различной концентрации и выявлены основные типы конфигураций молекулярных агрегатов.
|