Основные направления и факторы, определяющие изменчивость аминокислотных последовательностей CYTB азиатских скальных полевок (Alticola, Rodentia, Arvicolinae)
В.Ю. Ковалева1, И.В. Моролдоев1, Ю.Н. Литвинов1, К.В. Ефимов2, В.М. Ефимов3,4
1Институт систематики и экологии животных СО РАН, Новосибирск, Россия
v_kov_65@mail.ru
2Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики", Москва, Россия
efimov@phystech.edu
3Национальный исследовательский Томский государственный университет, Томск, Россия
efimov@bionet.nsc.ru
4Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Ключевые слова: CYTB, частоты аминокислот, главные компоненты, физико-химические свойства, эволюционный ранг, факторы среды, Alticola
Страницы: 739-751
Аннотация
Проведен статистический анализ изменчивости аминокислотного состава митохондриального белка CYTB азиатских скальных полевок р. Alticola. Последовательности (N = 36; 380 а. о.) взяты из GenBank вместе c сопутствующей информацией об их географической принадлежности. Вычислены частоты аминокислот для каждой последовательности и матрица квадратов евклидовых расстояний между ними, по которой методом главных координат рассчитаны главные компоненты (principal component - PC). В пространстве первых двух PC (Σλ = 76,89 %) все последовательности группируются в соответствии с их видовой принадлежностью, образуя восточно-сибирскую (A. strelzowi, A. olchonensis, A. semicanus, A. tuvinicus), южную (A. stracheyi, A. argentatus, A. albicaudus, A. stoliczkanus, A. barakshin) и северо-восточную (A. lemminus, A. macrotis) группы. В направлении PC1 происходит изменение частот Met, Gly, Ile → Ala, Thr, компонента высоко коррелирует с большим подмножеством AA-индексов (N = 362 при p-value <0,01 с учетом множественных сравнений по Бонферрони) и средним эволюционным рангом последовательностей CYTB. В направлении PC2 изменяются частоты Val, Phe → Leu. Это направление демонстрирует значимые корреляции с широтой ( r = 752; p < 0,001), высотой ( r = -717; p < 0,01) местности, 21 климатической переменной местообитаний полевок и 54 AA-индексами.
DOI: 10.15372/SEJ20240507 |
