Издательство СО РАН

Издательство СО РАН

Адрес Издательства СО РАН: Россия, 630090, а/я 187
Новосибирск, Морской пр., 2

soran2.gif

Baner_Nauka_Sibiri.jpg


Яндекс.Метрика

Array
(
    [SESS_AUTH] => Array
        (
            [POLICY] => Array
                (
                    [SESSION_TIMEOUT] => 24
                    [SESSION_IP_MASK] => 0.0.0.0
                    [MAX_STORE_NUM] => 10
                    [STORE_IP_MASK] => 0.0.0.0
                    [STORE_TIMEOUT] => 525600
                    [CHECKWORD_TIMEOUT] => 525600
                    [PASSWORD_LENGTH] => 6
                    [PASSWORD_UPPERCASE] => N
                    [PASSWORD_LOWERCASE] => N
                    [PASSWORD_DIGITS] => N
                    [PASSWORD_PUNCTUATION] => N
                    [LOGIN_ATTEMPTS] => 0
                    [PASSWORD_REQUIREMENTS] => Пароль должен быть не менее 6 символов длиной.
                )

        )

    [SESS_IP] => 35.174.62.162
    [SESS_TIME] => 1713301591
    [BX_SESSION_SIGN] => 9b3eeb12a31176bf2731c6c072271eb6
    [fixed_session_id] => c52f62178023ebecbd8c74133ada50e8
    [UNIQUE_KEY] => a49360a4454689617c5627d7b3ff6f8d
    [BX_LOGIN_NEED_CAPTCHA_LOGIN] => Array
        (
            [LOGIN] => 
            [POLICY_ATTEMPTS] => 0
        )

)

Поиск по журналу

Журнал структурной химии

2009 год, номер 5

ХАРАКТЕРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ РАСЩЕПЛЕНИЯ ДНК УЛЬТРАЗВУКОМ

Ю. Д. Нечипуренко1, М. В. Головкин2, Д. Ю. Нечипуренко3, И. А. Ильичева4, Л. А. Панченко5, Р. В. Полозов6, С. Л. Гроховский7
1 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
2 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
3 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, ne4ipur@gmail.com
4 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
5 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, larandr@mail.ru
6 Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, polrob@mail.ru
7 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Ключевые слова: ультразвуковое расщепление ДНК, конформационная гетерогенность ДНК, электрофорез на геле, позиционная специфичность, футпринтинг
Страницы: 1045-1052

Аннотация

Ключевым моментом при количественном анализе картин электрофоретических гелей высокого разрешения, содержащих большое количество полос, является учет позиционного эффекта - зависимости интенсивности полосы от ее положения на геле. В данной работе развиты два метода, которые позволяют учитывать такой эффект. Оценку зависимости относительных частот разрывов межнуклеотидных связей от типа нуклеотидов, получаемые при анализе картин расщепления фрагментов молекул ДНК под действием ультразвука или химических факторов, проводили при помощи: а) линейно скользящего среднего; б) описания функции позиционной зависимости как полинома третьей степени. Оба метода приводят к сходным результатам. Анализ расщепления различных последовательностей общей длиной более двадцати тысяч нуклеотидов позволил установить относительные частоты разрывов связей во всех 16 динуклеотидах, встречающихся в последовательности ДНК. Установлено, что при ультразвуковом воздействии фосфодиэфирная связь, расположенная между цитозином и гуанином, подвергается расщеплению значительно чаще, чем соответствующие связи между прочими нуклеотидами в последовательности.