Динамика укладки белка в пространстве экспериментально измеряемых переменных: явления турбулентности
С.Ф. Чекмарев1,2
1Институт теплофизики им. С. С. Кутателадзе СО РАН, Новосибирск, 630090, Россия
chekmarev@itp.nsc.ru
2Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, 630090, Россия
Ключевые слова: динамика укладки белков, молекулярная динамика, ферстеровский резонансный перенос энергии, потоки вероятностей переходов, турбулентность, структурные функции, protein folding, molecular dynamics, Forster resonance energy transfer, probability transition flows, turbulence, structure functions
Страницы: 70-77
Аннотация
С использованием метода молекулярной динамики исследован процесс укладки молекулы белка villin subdomain HP-35. При описании конформаций белка введены две переменные, соответствующие расстояниям между флуорофорами в экспериментах по исследованию динамики укладки белков с помощью метода ферстеровского резонансного переноса энергии. В результате моделирования показано, что поле потоков вероятностей переходов между состояниями белка насыщено вихрями. Обнаружено, что в рассмотренном случае, в отличие от ранее исследованных случаев гидродинамической турбулентности и турбулентности укладки белков в трехмерном конформационном пространстве, зависимость всех структурных функций потоков от величины инкремента в конформационном пространстве является линейной. Предложено объяснение этой зависимости на основе β-модели. Показано, что она не обусловлена выбором переменных для описания динамики укладки.
DOI: 10.15372/PMTF20180508 |
